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微生物菌株鉴定服务
    微生物因为体积小、质量轻、适应性强、繁殖能力强等特点,广泛分布于自然界中。通过DNA测序对微生物进行物种鉴定(菌种鉴定)是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点,对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速,准确。美吉凭借多年的微生物检测经验为您可提供快速、高效、权威的微生物检测服务,包括细菌16srDNA鉴定和真菌18srDNA鉴定/真菌ITS鉴定。

细菌16srDNA鉴定

    16S rDNA是编码原核生物核糖体小亚基rRNA (16S rRNA)的DNA序列,长度约为1540bp,存在于所有细菌染色体基因组中。16S rDNA分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用、最有用的“分子钟”。其序列包含9或10个可变区(variable region)和11个恒定区(constant region)。保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。16S rDNA分子的序列特征为不同分类级别的近缘种系统分类奠定了分子生物学基础。

    近几年来,国内外学者采用不同的分子生物学方法对各种细菌的16S rDNA进行了广泛的研究,获得了大量的16S rDNA序列信息,并集中于NCBI数据库中。将测序得到的16S rDNA序列在NCBI上进行Blast比对,即可获知与该序列同源性较高的已知序列,为确定菌种的分类学地位提供依据。

技术路线

 

送样要求

1.若提供平板、甘油菌或穿刺菌,请注明培养条件,菌种培养需特殊培养基的请提供培养基;请确保您提供的平板或斜面上的单菌落经过至少三次的分离纯化。因实验样品不纯造成的测序套峰,我们将收取全额的实验费用。
2.若提供基因组DNA样品,请确保其浓度≥10ng/μl,总体积≥50μl,样品定量检测结果将以我们为准。
3.若提供的菌株为革兰氏阳性菌,建议您提供基因组DNA。
4.若提供的为培养后的菌液,请确保包装的密封性和菌液的浓度,使最终离心后菌体质量不低于0.5g。
5.我们不接受具有致病性的样品。如果您的菌株带有致病性,请提供该菌株的基因组DNA,并对其进行处理以灭活致病菌。

提供结果

1. 结题报告,包括实验流程,PCR产物电泳图、进化树结果等
2. 测序峰图文件
3. 序列文件

18srDNA鉴定/真菌ITS鉴定   

    传统的真菌分类鉴定主要是按照真菌的形态、生长以及生理生化等特征对真菌进行分类。然而真菌的种类繁多,个体多态性明显,而且其生长、生理生化特征也会随着环境的变化而不稳定。因此,采用传统的方法对真菌进行正确的分类存在较大的困难。随着分子生物学技术的发展,核酸序列分析已被广泛的应用于真菌分类鉴定中,目前常用的技术包括18S rDNA、ITS(Internal Transcribed Spacer)及18S rDNA-ITS序列分析技术。

    18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA(18S rRNA)的DNA序列,序列中既有保守区又有可变区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守,因此在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。内转录间隔区ITS位于核糖体rDNA 18S、5.8S及28S之间,由于不需要加入成熟核糖体,因此在进化过程中能够承受更多的变异,其进化速率为18S rDNA的10倍,属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。另外,也可通过选择引物同时扩增18S rDNA和ITS,通过分析18S rDNA序列,先在较高级别上确定样品的归属,然后根据ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。

技术路线


送样要求

1. 基因组DNA:浓度≥10ng/μl,总体积≥50μl。
2. 样品定量检测结果将以我们为准。

提供结果

1. 结题报告,包括实验流程,PCR产物电泳图、进化树结果等
2. 测序峰图文件
3. 序列文件