中国最专业的三代测序服务公司
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分型检测服务
    基因分型(Genotyping)又称为基因型分析(Genotypic assay),是利用生物学检测方法测定个体基因型(Genotype)的技术,使用技术包括聚合酶链反应(PCR)、基因测序、DNA片段分析等。基因分型目前已经成为很多工作的基础,比如基因功能研究、致病基因鉴定、基因型鉴定等。

    赛默百合为您提供直接法测序、荧光定量探针法、荧光定量染料法三种SNP分型检测服务。

直接法测序

    SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态,已广泛应用于群体遗传学和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中发挥着重要作用。

    在SNP的检测方法中,通过PCR扩增后直接测序是十分有效的方法,被公认为是SNP检测的“金标准”。在测序峰图中,纯合型SNP的测序峰为单一峰型,而杂合型的为双峰,所以非常容易区分。采用这种方法,SNP检出率接近100%。
 


 
A/A纯合SNP型

 


 
A/G杂合SNP型

 


 
G/G纯合SNP型

技术特点

1. 原理简单,容易掌握,适合短基因片段的SNP筛查。
2. 检出率接近100%。
3. 可以发现新的SNP位点。

技术路线

送样要求

1. 请提供血液、组织或DNA样品,及准确的基因名称(基因ID)、序列和详细的SNP位点信息。
2. 血液:样品需用EDTA抗凝,总量大于1 ml,采集后于-20℃或-80℃保存。
3. 组织:样品可为新鲜组织(最好保存于-80℃)、石蜡包埋的组织或95%乙醇中固定的组织,总量≥10mg。样品-70℃邮寄至本公司(干冰或液氮运送)以保证样品质量。
4. 基因组DNA:浓度≥20ng/μl,总体积≥20μl。所需样品量根据实验要求做相应调整。
5. PCR产物:达到实验要求的PCR产物,浓度≥50ng/μl,总体积≥20μl。

提供结果

1. 实验流程
2. 电泳图
3. 测序图谱
4. SNP分型统计结果

 

荧光定量探针法

    SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态,已广泛应用于群体遗传学和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中发挥着重要作用。
    荧光定量探针法通过设计两条分别针对野生型和突变型的Taqman-MGB探针进行SNP位点的检测。Taqman-MGB探针能有效地检测单碱基突变,可用于大规模的SNP筛选。

技术特点

1. 适合位点数少,样品通量高的检测(每个位点需要合成两条探针,探针合成费用高)。
2. 应用ABI7500定量PCR仪进行定量检测。
3. 可采用ABI合成的探针或国产探针。
4. 操作简便,只需一步 PCR反应,无须进行纯化和预处理,就可直接上机检测。
5. 结果清晰,软件分析结果界面友好,标出了每个样品的基因型及荧光强度,非常直观。

技术路线


送样要求

1. 请提供血液、组织或DNA样品,及准确的基因名称(基因ID)、序列和详细的SNP位点信息。
2. 血液:样品需用EDTA抗凝,总量大于1 ml,采集后于-20℃或-80℃保存。
3. 组织:样品可为新鲜组织(最好保存于-80℃)、石蜡包埋的组织或95%乙醇中固定的组织,总量≥10mg。样品-70℃邮寄至本公司(干冰或液氮运送)以保证样品质量。
4. 基因组DNA:浓度≥20ng/μl,总体积≥20μl。所需样品量根据实验要求做相应调整。
5. PCR产物:达到实验要求的PCR产物,浓度≥50ng/μl,总体积≥20μl。

提供结果

1. 实验流程
2. 电泳图
3. 荧光定量PCR结果
4. SNP分型统计结果

 

荧光定量染料法

    SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态,已广泛应用于群体遗传学和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中发挥着重要作用。
    荧光定量染料法使用赛默百合生物自配的PCR Mix试剂(专用于SNP检测)进行荧光定量PCR检测,可对已知序列的SNP位点进行大规模的筛选,具有通量大,操作简单,成本相对较低等特点。

技术特点

1. 可以对已知的SNP位点进行大规模筛选。
2. 应用ABI7500定量PCR仪进行定量检测。
3. 操作简便,只需一步 PCR 反应,无须进行纯化和预处理,即可直接上机检测。
4. 使用赛默百合生物自主技术和试剂,成本相对较低。

技术路线


送样要求

1. 请提供血液、组织或DNA样品,及准确的基因名称(基因ID)、序列和详细的SNP位点信息。
2. 血液:样品需用EDTA抗凝,总量大于1 ml,采集后于-20℃或-80℃保存。
3. 组织:样品可为新鲜组织(最好保存于-80℃)、石蜡包埋的组织或95%乙醇中固定的组织,总量≥10mg。样品-70℃邮寄至本公司(干冰或液氮运送)以保证样品质量。
4. 基因组DNA:浓度≥20ng/μl,总体积≥20μl。所需样品量根据实验要求做相应调整。
5. PCR产物:达到实验要求的PCR产物,浓度≥50ng/μl,总体积≥20μl。

提供结果

1.    实验流程
2.    电泳图
3.    荧光定量PCR结果
4.    SNP分型统计结果

   赛默百合为您提供特定区域扫描、人致病基因定位(全基因组扫描)两种STR分型检测服务。

特定区域扫描

    短串联重复序列(short tandem repeat,STR),又称为微卫星标记(microsatellite)。它广泛并均匀地存在于真核生物基因组中,一般由一个长2~6bp的核心序列经多次串联重复排列而成,重复次数大多在10~60次之间。个体间核心序列的重复次数呈高度变异性,构成了STR的遗传多态性。由于STR具有分布广泛均匀、多态性丰富、信息量大、检测简便等优点,被认为是继限制性片段长度多态性(RFLP)之后的第二代遗传标记,已广泛应用于遗传图谱绘制、基因定位、法医鉴定、遗传病诊断等诸多领域。赛默百合生物可根据合作伙伴指定的染色体区域寻找微卫星标记,进行定点扫描。

技术路线

 

送样要求

1. PCR产物或基因组DNA:浓度≥50ng/μl,总体积≥20μl;新鲜组织样品:总量≥100mg的新鲜组织样品或1~2ml血液样品。
2. 请提供样品的电泳检测图。
3. 由于在实验过程中,可能会出现某些STR位点难以检测的情况,建议提供3~4个备选STR位点。
4. 我们默认使用的内参为ROX500,如需使用其他内参,请自行提供。
5. 建议使用Fam、Hex、Tamra三种荧光标记。
6. 为尽量避免多种荧光信号的相互干扰,不建议同管检测使用的荧光多于2种;多种荧光同管检测,PCR产物大小需相差50bp以上。
7. STR检测中常会出现一些比正常产物短2~4个碱基的峰,这是由截断PCR造成的,属于正常现象,并不会影响实验结果的分析。

提供结果

1. STR电泳图谱(如下图所示)
   由于二核苷酸序列在扩增时易因为Taq DNA聚合酶的低修复活性而出现末端加“A”的情况,会导致“滑移”现象,它们的峰值与主峰相比较低,而且距离主峰越远,峰值越低。

 

2. STR片段大小,分型信息
3. 实验报告

 

人致病基因定位(全基因组扫描)


    全基因组扫描新策略对于筛查多基因疾病的致病和易感基因无疑具有里程碑式的意义,其对疾病相关基因的定位,不再依赖于已知候选基因,并可在整个基因组范围内对未知基因进行筛查。利用平均分布于各条染色体上的密度约为10cM的微卫星(又称为STR),全基因组扫描可通过特定的引物扩增出人某条染色体上特定位置的微卫星,并检测每个微卫星是否存在与其邻近的疾病相关基因座位连锁,最终将致病基因定位在某染色体的特定区域。

技术原理

    ABI公司提供的Linkage Mapping Set Version 2.5 Panel Guide 全基因组扫描试剂盒,共有382个微卫星标记,覆盖了人类基因组(22条常染色体,2条性染色体)的所有区域。这些标记都来自于法国Genethon人类遗传多样性中心(CEPH)所发表的5264个微卫星(Dib et al, 1996),这些微卫星均为二核苷酸重复,在CEPH群体中的平均杂合度在70%以上,且在CEPH家系中得到了遗传稳定性验证,分辨率达10cM。试剂盒中的382个遗传标记已全部采用PCR进行标准化检测,部分用于PCR的引物经过了调整和重新设计。
    整套382个微卫星标记被分为27个Panels,每个Panel包括了15~20个左右的微卫星标记。经优化后的这种组合可以在一定条件下进行多重PCR操作,并进行全基因组扫描。实验结果通过连锁分析可将致病基因定位于染色体的一定部位,从而实现基因定位。

试剂盒特点

1. 全基因组扫描、连锁分析试剂盒。
2. 5色荧光体系,应用最新的荧光染料化学。
3. 高分辨的5cM/811对PCR引物试剂盒。
4. 中分辩的10cM/400对PCR引物试剂盒。
5. 多重PCR设计,独到的滑移峰解决方案。

技术路线

血液样品DNA的提取
DNA浓度测定及特定浓度DNA样品的制备
全基因组扫描试剂盒,多重PCR扩增
基因分型(合作伙伴需提供家系图)
连锁分析或关联分析,连锁不平衡分析
确定易感染基因位点及定位精度

提供结果

1. 检测图谱

2. 生物信息分析报告
3. 项目结题报告