中国最专业的三代测序服务公司
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Sanger测序服务
        Sanger法即双脱氧链终止法(Chain Termination Method),是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得可见的DNA碱基序列。美吉生物为您提供专业的Sanger测序服务:DNA常规测序、鸟枪法(Shotgun)测序、BAC末端测序。

测序特色

1. 取样快 高效快捷的专业物流,每天两次取样,保证样品第一时间到达实验室。
2. 读长长 测序单序列读长可达800~900bp。
3. 序列准 提供的可靠碱基,质量值均在Q20以上。
4. 操作精 专业的技术人员,严格SOP双重质控,样品数据真实可靠。
5. 效率高 质粒和已纯化PCR产物,24h出结果,菌和未纯化PCR 产物,36~40h出结果。
6. 不怕难 赛默百合生物结合自主研发的试剂及ABI dGTP BigDye terminator v3.0等昂贵试剂,能有效解决高GC、发夹结构等难题。

免费服务

根据不同的需求,我们还可以为合作伙伴免费提供:
1. 测序引物设计和评估
2. 序列拼接
3. DNA序列的基本分析
4. Primer Walking引物设计
5. 菌液活化

送样要求

1. 菌样

1) 请注明载体类型和抗性,我们常备Amp,Kan两种抗生素,其他抗性请自备。
2) 若菌中包含的质粒为低拷贝,请直接提供约3μg的纯化质粒。
3) 若使用了特殊的抗生素,请提供5ml菌液或质粒。
4) 若菌液需培养,请提供至少500μl过夜培养的菌液,封口保存以防止交叉污染或渗漏。
5) 若菌液无需培养,请提供至少4ml已培养好的菌液。
6) 若有大量样品进行测序,建议在Eppendorf管中用牙签穿刺培养菌种。
7) 若样品为噬菌体,请提供质粒,我们不收取菌液。

2. 质粒(除特殊样品,我们一般不建议提供质粒)

1) 若提供质粒,请确保使用的溶剂为灭菌的双蒸水,浓度>100ng/μl,总体积>20μl。
2) 若有可能,请提供1ml左右含有相应质粒的菌液备用。
3) 请注明载体名称及插入片段的长度。
4) 若质粒较大,请注明载体长度;若质粒拷贝数低,请注明具体拷贝数。

3. PCR产物已纯化

1) 若提供已纯化的PCR产物,请确保使用的溶剂为灭菌的双蒸水,浓度>50ng/μl,总体积>20μl。
2) 请确保纯化的PCR产物电泳结果为单一的条带,否则将影响测序结果或导致测序失败。
3) 请注明测序片段长度,片段长并需测通的样品需适当增加送样体积。

4. PCR产物未纯化

1)若提供未纯化的PCR产物,请确保片段长度大于100bp,小于2Kb,浓度>50ng/μl,总体积>50μl。
2) 片段长度若大于2Kb,建议您克隆后再测序。
3) 请注明片段长度,便于核对样品测序是否成功及安排样品测通、拼接工作。
4) 建议提供电泳结果为单一明亮的特异性条带的PCR未纯化产物。
5)若要自行提供引物,请确保引物经过PAGE纯化,浓度>5pmol/μl(或5μmol/L),总体积>10μl;若提供干粉,请注明OD值。另外,请提供引物全序列(18~22bp为宜)、PCR退火温度等信息。随机引物、标记引物和简并引物不能用于测序。
6) 发送测序结果一个月后,若合作伙伴无要求返还样品或引物等,则我们将代为销毁。

    鸟枪法战略(Shotgun Strategy)又称随机测序战略,是由美国塞莱拉遗传公司创始人克雷格•文特尔发明,主要针对大片段的全长测序。此策略是将基因组DNA用机械方法随机打断成小片段,并连入合适的载体构建亚克隆文库,从中随机挑取克隆测序,再通过生物信息学方法对测得的序列进行拼接组装以获得大片段DNA的序列。

    构建不同插入片段大小的Shotgun文库(1.5~3 Kb、4~6 Kb、6~8 Kb等),可减少因基因组中的重复序列造成的错误拼装,提供更多Contigs之间的关联信息。Shotgun策略已广泛应用于包括基因组、叶绿体、线粒体、野生质粒、噬菌体、病毒以及Fosmid/Cosmid/BAC克隆等的全长测序。

 


赛默优势

  • 成熟的Shotgun文库构建体系,确保您在最短时间拿到数据
  • 专业的生物信息团队
    • 能提供可靠精准的序列拼接结果,6~8倍覆盖率,phred-20质量标准,全长准确率大于99.99%,并可提供专业的生物信息分析。
  • 丰富的实战经验队
    • 目前已成功完成了包括链霉菌、水稻、番茄、扬子鳄、熊猫、朱鹮等物种的Fosmid/BAC克隆全长测序1000余例,小鼠、蚯蚓、油菜花、大豆等物种的线粒体测序100余例,大肠杆菌的野生质粒、噬菌体、病毒等全长测序20余例。我们所提供的全长序列已被众多实验室用于发表学术论文。


技术路线


送样要求

1. DNA样品:浓度≥50ng/μl,DNA总量≥4μg,OD260/280=1.80-2.00并确保无降解。
2. 叶绿体/线粒体/病毒/噬菌体全长测序:浓度≥50ng/μl,总量≥5μg,经纯化过的DNA样品,根据片段大小不同所需量会有所差异。
3. Fosmid/Cosmid/BAC克隆请提供甘油菌(甘油终浓度为10-20%)或穿刺菌。

    细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库的构建是进行基因组研究的一项重要基础性工作,特别是对大基因组及超大基因组来说更是如此,在物理作图、基因图位克隆、基因结构和调控等研究中发挥了重要作用。BAC末端测序技术通过测定插入片段两端的序列,能够迅速而精确地进行序列拼装,并确定基因组序列结构的多态性,如倒置和易位等,在基因组全序列测序中有着举足轻重的作用。

BAC末端测序难点

一般来说,BAC测序比质粒或PCR产物的测序要困难得多。主要难点体现在以下几个方面:
1. BAC质粒插入片段长(一般大于100Kb),容易形成二级结构,而二级结构区域后的DNA链可能会因延伸不够充分而造成测序异常。
2. BAC测序需要毫克级高纯度的DNA,从而获得充足信号,以利于准确的碱基信号检出和最大读长的获得。但是BAC质粒在细菌中为单拷贝或低拷贝,DNA提取和纯化难度很大。
3. 测序反应完成后,产物需进行纯化才能上机(ABI3730xl)检测,但是常规的纯化方法不能够完全去除残留的荧光染料,这会导致序列彩图中出现严重的干扰峰。

赛默百合优势

  • DNA提取环节
    • 利用自主研发的BAC克隆DNA提取试剂和独特的提取方法,赛默百合生物可以利用96孔深孔板进行BAC克隆的培养和批量化DNA提取,获得的BAC DNA质量和纯度完全满足测序需求。
  • 测序反应环节
    • 对测序反应体系进行了优化,在反应体系中添加了以MgCl2为主要成分的自制缓冲液,增加了BigDye中Taq酶的活性,从而极大提高了测序的质量和成功率。
  • 测序纯化环节
    • 采用BigDye Xterminator纯化试剂盒,可稳定地去除BAC末端测序中的染料污染,从而消除了干扰峰的出现,并且能够显著增强测序数据的信号强度。

 

送样要求

1. 若提供甘油菌或穿刺菌,请注明其培养基、抗生素抗性、载体名称及是否需要诱导等信息。
2. 若提供质粒DNA:浓度需≥100ng/μl,体积≥20ul,OD260/280=1.80-2.00并确保无降解。