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转录调控测序
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合,
在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。
测序采用Illumina HiSeq平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测,同时提供针对测序数据中mRNA的分析,结果更全面,广泛应用于医学、农学研究领域。
全长转录组测序(Iso-seq)是指利用三代测序技术对生物体内完整的RNA分子(包括5'末端到3'poly A尾的全长序列)进行测序,RNA分子无需打断,测序可直接获得完整序列。通过全长转录组测序能够更精准地得到转录本信息,可鉴定更多可变剪接位点、新基因和新的异构体、融合基因等。
单细胞转录组测序(Single Cell RNA Sequencing)是在单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序的一种高端技术,研究单个细胞内的整体基因表达情况,以及基因的结构变异;主要用于细胞分子机制中细胞异质性研究、以及样本量少而无法进行常规高通量测序等。
真核mRNA测序分析的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。
Small RNA(sRNA)测序采用Illumina HiSeq平台,可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开全面分析,
既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因,
为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。
原核转录组测序基于二代高通量测序平台,通过构建链特异性文库,可研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在某个时期或者在某种环境条件下所有的序列信息。
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类闭合、成环的非编码RNA分子,对核酸酶不敏感,半衰期较线性RNA长。circRNA广泛存在于动植物中,研究显示其能够通过竞争性结合microRNA在转录后水平进行调控。基于高通量测序技术,通过去除rRNA同时去除线性RNA的链特异性文库可一次性获得单碱基分辨率的circRNA序列信息。依托强大的生物信息分析平台,可鉴定已知circRNA,并预测新的circRNA及其靶标。