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HI-C
Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。Hi-C可以捕捉全基因组范围内的互作信息,包括染色体内和染色体外的相互作用。

爱心提示:不是所有基因组组装都适合HI-C的辅助组装,务必和技术支持沟通,避免数据无法使用。


Hi-C和3C、4C、5C、ChIA-PET的区别

  互作方式 覆盖范围 检测方法 技术限制 研究应用
3C 单点对单点 通常小于1Mb 位点特异性PCR 通量低 确定已知启动子和增强子之间的相互左右
4C 单点对多点 全基因组范围 高通量测序 仅限于一 与已知LCR(locus control regions)互作的全部基因和基因组元件
个视角
5C 多点对多点 通常小于1Mb 高通量测序 覆盖有限 确定染色体特定区域内的完整高级结构
Hi-C 全部互作 全基因组范围 高通量测序 所有染色体内和染色体外的相互左右
ChIP 特定蛋白介导的单点对单点 通常小于1Mb 位点特异性PCR 依赖于染色质交联的蛋白因子,忽略了其他的互作 依靠已知启动子和增强子之间的相互左右,确定特殊转录因子的功能
ChiA-PET 特定蛋白介导的全部互作 全基因组范围 高通量测序 构建已知转录因子介导的染色质互作网络