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重测序及比较基因组分析


微生物种类繁多,菌株的分化速度快,需要有一个经济快速的方法,
对大范围内的海量菌株进行测序研究,了解菌株间的变异信息。
微生物基因组的重测序,是基于小片段文库的高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。
检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,以精准快捷为特点,
系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

1. 致病性分析:

A)分泌蛋白预测

B)VFDB数据库预测

C)ARDB 数据库预测

D)PHI注释

E)CAZy注释

2. 比较基因组学分析:

A)Mummer共线性分析

B)Blast 共线性分析

C)基因家族分析

3.高级分析:

A)选择压力Ka/ks分析

B)进化分析,系统发育树


高级分析及个性化分析图谱:
1、水平基因转移:分析进化过程中不同物种之间基因的转移情况
2、图谱定制




 


1、无RNA、蛋白污染的基因组DNA
2、样品总量大于1 µg,浓度大于30ng/µl
3、OD260:280=1.8-2.0